4. 사자사터 발굴조사는 1,2차로 나누어 실시되었는데 1차조사는 1993. 2. 24∼3. 24까지, 2차조사는 동년 5. 4∼8. 3까지 실시되었다. 조사결과 지하에서 건물지 유적과 각 시대의 유물이 출토되어 사자사가 백제시대부터 지금까지 지속된 사실을 알 수 있게 되었다.
 유적으로는 건물지와 석축시설, 계단지를 들수 있는데 유적층은 발굴당시 표토층인 中庭(중정)구지표에서 7m 깊이까지 조사하였으며 유적과 유물이 그 아래층에서도 부존되어 있을 가능성이 높게 나타났으나 여러 가지 제약으로 인하여 아래층에 대한 조사는 이루어지지 못하였다.

 유구는 상하층으로 겹쳐 드러났는데 사찰은 처음부터 계곡경사면을 터로 사용하였기 때문에 처음부터 동서석축을 마련하여 일정한 평지공간을 두어 건물을 造營(조영)했던 것으로 나타났다. 조사한 석축은 3단이 드러났는데 지형을 따라 모두 동서로 軸(축)을 둔 상태였다.
 석축은 상단이 가장 늦은시기의 것이었고 이 석축 상층에서 1, 2, 3차 건물지 흔적이 조사되었다. 그러나 조사한 1∼5차건물지 중 1∼3차 건물지는 가장 늦은 것으로 조사되었는데, 확인결과 상단석축은 당시 건물을 위한 기단이 아니고 아랫단에 조영한 건물의 보호를 위한 석축기능을 했던 것으로 해석되었다.

 건물지는 발굴전 남아있었던 법당을 1차 건물지로 명명하여 지하로 내려가면서 조사한 순서대로 번호를 부여하여 시기적으로는 가장 빠른 건물지는 건물지 5가 된 셈이다. 건물지 1은 동서(정면) 4칸, 남북(측면) 3칸으로 조사되었는데 초석 중심거리를 중심으로 東西外陣柱(동서외진주) 사이 총길이는 1,044cm, 남북외진주간 총길이는 517cm로서 외동주를 기준하면 건물지의 크기는 16평정도이다.
 2차 건물지는 1차 건물보다 30cm 아래층에서 흔적이 드러났다. 그러나 파괴가 심하여 전체규모나 뚜렷한 성격은 알 수 없었지만 煙道施設(연도시설)등의 구조물이 드러난 것으로 보아 좁은 터를 이용한 다용도 건물지였을 가능성이 높았다.
 3차 건물지 역시 심한 파괴로 일부유적만 확인할 수 있었으나 건물지의 중앙은 법당으로 사용하고 동서편에서는 온돌시설물이 있어 요사채를 겸한 법당이었던 것으로 나타났다. 건물지 내에서 확인된 초석중심간 남묵거리는 310cm이며 잔존 연도시설의 두둑너비는 15∼30cm이고 길이는 최고 250cm 정도가 남아 있었다.
 4차 건물지는 조사 전지역에 관련유적이 있어 가장 넓게 사역에 분포되어 있었다. 이 4차건물과 관련된 유적 중에는 중정과 석축기단도 포함되어 있었다.
 4차 건물지의 흔적으로는 우선 중단부에 석축과 석축중앙부에 자리해 오목하게 들어간 계단지를 들 수 있는데 계단석은 5단이었다. 이 계단지를 중심으로 동서측에서는 樓(루)형식의 건물지 구조를 갖추고 있어 고려시대 이후 산지가람에서 흔히 볼 수 있는 배치를 볼 수 있었다. 4차건물지의 법당은 중정의 정면 북축 중앙에 자리잡고 있고 동서 양측에는 각각 요사채나 부속건물지의 기단석이 놓여 있었다. 법당터는 후대에 반복된 건물중건 등에 따른 파괴로 인하여 남북의 석축기단이 길이 1,280cm, 높이 123cm정도만 남아 있었고 내부 기단토 다짐흔적등이 확인될뿐 정확한 규모는 알 수 없었다. 법당터 앞의 중정 규모는 동서 930cm, 남북 470cm로 확연한 흔적이 남아있으며 구지표는 다짐층과 모래층이 옅게 깔려 있었다. 중정에서 법당으로 오르는 계단이 중정의 서측부에는 5단으로 구축되어 있었다. 중정 남단에서 850cm 떨어진 남측에는 4차건물지 정면으로 올라오는 첫 석축과 계단시설이 드러났는데 축대 시설은 높이 460cm정도로 높고 이 축대를 오르는 계단은 축대 앞쪽으로 45°경사를 이루며 17段(단)으로 이루어져 있었다. 4차 건물지에서 출토된 유물은 고려말인 13세기경부터 조선 前半(전반)기인 15세기경까지의 유물로 조사되었다.
 법당터 앞에서 출토된 많은 木炭(목탄)으로 연대측정을 한 결과 1280∼1410년경으로 編年(편년)되어 출토유물과 연대가 일치되고 있음이 드러났다.
  5차 건물지와 유적은 제일 상단의 유적보호용 축대와 4차유적인 中庭(중정)舊地表(구지표)直下(직하)에서 확인된 동서 석축 등을 들 수 있는데 이 유적 역시 현존창고와 요사채 등으로 발굴 범위의 축소 및 유실로 인하여 전체규모나 配置狀態(배치상태)를 파악할 수는 없었다. 그러나 발굴된 유적에서 출토된 유물은 고려시대 전반 경을 下限(하한)으로 하고 있음을 알 수 있었다.

 특히 유적보호용인 맨 상단 석축 내 다짐층에서 출토된 유물 중에는 백제시대기와와 통일신라 기와 및 土器(토기) 등이 적지 않게 포함된 것으로 드러나 이 일대에 대한 전 지역 조사와 확인하지 못한 地下(지하)유적층까지 조사하면 그 이전 유적의 존재 가능성이 확연할 것으로 추정되었다.

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